В Киргизии континентальный климат. Западные и северные склоны гор получают больше осадков. Количество осадков увеличивается с высотой до 5000 м. На больших высотах осадки выпадают в виде снега, и даже летом возможны заморозки. Средняя годовая сумма осадков на северных склонах около 750 мм, на юго-западных склонах Ферганского хребта – 950 мм, а на северо-восточных – 230 мм.
Средние температуры января колеблются от –2° до –8° С в долинах и от –8° до –20° С в средневысотных горах. В высокогорьях средние январские температуры – около –28° С. Во многих районах Киргизии, кроме высокогорий, зимой часто бывают оттепели. Лето жаркое и сухое, со средними температурами июля в долинах +20–27° С, в среднегорьях +15–17° С, а в высокогорьях +5° C и ниже.