Тропический морской и субэкваториальный, муссонный. Сезон дождей с июня по сентябрь. С июня по октябрь - разрушительные тайфуны. 
Большая часть территории Филиппин отличается значительным увлажнением (свыше 2000 мм в год), на наветренных склонах хребтов выпадает 3500—4500 мм осадков; во внутригорных долинах и на некоторых южных островах местами менее 1000 мм в год. На южных островах осадки выпадают более или менее равномерно в течение года. Западное побережье северной части архипелага подвержено влиянию летнего муссона, восточное побережье — воздействию зимнего муссона и пассата с Тихого океана, соответственно на западном побережье преобладают летние осадки и отмечается летний максимум стока рек, а в восточной части страны их максимум смещается на зимние месяцы. Лучшее время для посещения Филиппинских островов — ноябрь-май, влажный сезон — с июня по октябрь.