Тропический континентальный пустынный с резкими суточными колебаниями температуры. В пустынях дневные температуры могут достигать 50° С, а ночью опуститься до 0° С. Прохладный сезон в Верхнем Египте (к югу от Каира) продолжается с декабря по февраль. В апреле-мае, когда из пустыни Сахара примерно в течение 50 дней дует горячий сухой ветер хамсин, нередки песчаные бури. Относительная влажность воздуха увеличивается в июле, когда начинается разлив Нила.

В Нижнем Египте (к северу от Каира), особенно в его прибрежной полосе, климат преимущественно субтропический средиземноморский. Прохладный сезон продолжается с октября по апрель. В узкой средиземноморской полосе нередки дожди. Лето наступает в мае и сопровождается значительным увеличением относительной влажности воздуха.

Осадки редки и нерегулярны. Среднегодовое количество осадков на большей части страны менее 100 мм (в районе Каира 28 мм), а на севере ок. 200 мм (в Александрии – 190 мм), но в отдельные годы может достигать 400 мм.