На севере страны климат умеренный, а на юге — субтропический и тропический муссонный. Лето достаточно жаркое по всей стране — от + 30 °С на севере до + 38 °С на юге. Летом выпадает максимальное количество осадков — от 700 мм на севере до 1200 мм — на юге, при этом влажность воздуха очень высока, часты тайфуны. Средняя температура зимой достаточно низкая — от — 15 °С на о. Хоккайдо, до — 5 °С на о. Хонсю и до + 16 °С на архипелаге Рюкю. При этом выпадает достаточно большое для столь южных широт количество снега.